Dado que os aliados Peruanos y Bolivianos no presentaban combate en Iquique, los chilenos consideraron necesario ir en su busca mediante acciones ofensivas. El 9 de mayo había recalado el vapor "Lamar" con carbón, víveres y municiones.

Seis días más tarde arribó a Iquique el vapor inglés "Lontué", cuyo Capitán informó al Almirante Juan Williams Rebolledo que el grueso de la flota enemiga aún permanecía en El Callao y le proporcionó un croquis de la base naval con la ubicación de los diferentes buques peruanos. Manteniendo el mayor secreto, Juan Williams Rebolledo decidió zarpar el 16 de mayo para atacar a El Callao. Antes, efectuó algunos relevos:

El Capitán de Fragata Arturo Prat Chacón asumió como Comandante de la corbeta "Esmeralda" y la responsabilidad por el bloqueo de Iquique. El Comandante Manuel Thomson Porto Mariño asumió el mando de la "Abtao" y el Capitán de Corbeta Carlos Condell de la Haza, como Comandante de la goleta "Covadonga" , que permanecía junto a la "Esmeralda" en el bloqueo de Iquique.

El día anterior, el Almirante citó al Comandante Arturo Prat Chacón a bordo del buque insignia y le entregó un sobre sellado con instrucciones, el que debía ser abierto el 20 de mayo. El 16 de mayo zarpa la Escuadra con rumbo a El Callao.Quiso el destino que el mismo día se hiciera a la mar la escuadra enemiga desde El Callao a Arica, llevando embarcado al Presidente Mariano Ignacio Prado y escoltando un convoy con 4.000 soldados, destinados a reforzar el dispositivo terrestre en Tarapacá

Ambas fuerzas se cruzan de vuelta encontrada en alta mar, sin avistarse. En Arica, el jefe peruano, Capitán de Navío Miguel Grau Seminario, obtiene las siguientes informaciones:

• Que la Escuadra chilena había zarpado con sus unidades más significativas hacia El Callao.
  
• Que el bloqueo de Iquique era mantenido por dos buques de muy escaso valor combativo.
  
• Que desde Valparaíso había zarpado un convoy desprotegido con 2.500 soldados (noticia en la prensa chilena).

Ciñéndose fielmente al plan de campaña, el Comandante peruano resolvió atacar a las dos naves chilenas en Iquique y luego continuar al sur para interceptar y apresar el convoy con tropas y destruir la máquina resacadora de agua de Antofagasta.

Así el 20 de mayo zarpaban desde Arica el monitor "Huáscar" y la fragata blindada "Independencia" y al día siguiente a las 08.00 horas entraban a la rada de Iquique.

El mismo día entraba la Escuadra nacional en El Callao, encontrando una base naval ausente de objetivos. El Almirante Williams ordenó regresar al sur forzando las máquinas.