Luego de las acciones del 2/3 de abril de 1963, fue ocupada y nuevamente saqueada por tropas de los Regimientos Nros. 8 y 10 de Caballería Motorizada. La destrucción de los aviones en tierra y material de Talleres fue de gran importancia en esta oportunidad. La razon fue, otra vez más, la política irracional que lleva a que se luche y se mate entre hermanos. En este caso en particular los aviones de Punta Indio atacaron el Regimiento 8 de Magdalena, como se ve en las dos fotos de abajo, con un NA T-6 disparando sus cohetes sobre el regimiento, que quedó con sus instalaciones destrozadas y por supuesto víctimas. Los Regimientos 8 y 10 contraatacaron a su vez tomando la base de Punta Indio, destruyendo sus aviones e instalaciones.

Un North American T6 disparando cohetes sobre Magdalena.

El Regimiento 8 de Magdalena muestra las consecuencias del ataque

Fuerzas el Ejercito se preparan para atacar Punta Indio

Parte de la pista con aviones dañados

El Regimiento de tanques posa sobre la pista de Punta Indio.

Más fotos de los daños causados. Haya sido en Punta Indio o Magdalena, es difícil comprender hoy, en el siglo XXI, que esto no fue un ataque externo, sino una guerra fratricida, cuantos pobres conscriptos, subofociales y oficiales habran muerto en estas guerras estúpidas?

Aviones Corsario dañados
	Un DC-4 destruido
Un DC-3 dañado y resto de otro quemado
	Dalos en tres Trackers
Panthers dañados o deshechos
Solo quedo la turbina de este Panther	El Grupo de Artilleria en la Pista de PINDIO

El 9 de octubre de 1963 la Base Aeronaval fue reintegrada a la Armada, en una ceremonia. Se habilita la actual pista principal trasladándose por esta época una Escuadrilla de Ataque y otra Antisubmarina. En el año 1964 la Escuela de Aviación Naval se traslada definitivamente a Punta Indio y desde entonces la Fuerza Aeronaval N° 1, ha sido la Fuerza de Instrucción, conservando hasta la fecha su conformación de medios organismos.

El 10 de agosto de 1966 la Base apadrinó a la Brigada de Paracaidistas del Aero Club La Plata. El 13 de junio de 1968 se inauguró en su ámbito una Estación Cenital.

Los nombres de "Sección Aviación de la 3ra. Región Naval"; y Comandancia de la Aviación de la 3ra. Región Naval; Fuerza de Aviación del Arsenal del Rio de la Plata; Fuerza Aeronaval de Defensa del Rio de la Plata; Fuerza Aeronaval de la Zona Naval del Plata; Aviación de la Escuadra de Ríos, Fuerza Aeronaval Nº 1 son todos nombres comunes a su constitución y en su texto, todas de alguna manera encuadran y reflejan la misión y tareas asignadas.

Por sus hangares y pistas han circulado todos los aviones de la Armada, entre ellos:

Primer vuelo de un Corsario, y un Grumman Cougar, nuestro primer supersónico

Macchi MB339 y un Mentor T34C

Un Catalina al lado de un Cougar, dos generaciones distintas;  y un Super Etendard

La base sigue operando hoy en dia, un pálido reflejo de lo que fué algun día, con pocos aviones operables, pero su espíritu sigue intacto y como renació de sus cenizas varias veces, lo está haciendo nuevamente a traves del alma y fuerza de su gente, que la esta restaurando, agregando elementos nuevos hechos alli mismo con tesón e ingenio y soñando con un futuro mejor. Sus talleres siguen haciendo el mantenimiento completo de los aviones de la Aviacion Naval, con modificaciones importantes en algunos casos para que puedan cumplir nuevas funciones.

Un B-200 convertido en un avion de exploracion y un Mentor en recorrida completa

Un Pilatus Turbo en operaciones

Un NA Texan y un T-28 en la plaza de armas

La entrada a la base con dos gate guardians, un Macchi y un Panther